LOs första kvinnliga ordförande
På kongressen 2000 beslutades att LO är en feministisk organisation och samtidigt fick LO sin första kvinnliga ordförande: Wanja Lundby-Wedin.
Under folkomröstningen om EMU 2003 tog LO beslut om att varken säga ja eller nej utan vara neutralt. Medlemsförbunden var splittrade. Pappers, Metall och Industrifacket kampanjade för ett ja medan Handels, Transport och Hotell- och restaurang tog ställning för ett nej.
Ny borgerlig regering
När Sverige fick en borgerlig regering 2006 höjdes bland annat medlemsavgifterna till a-kassan kraftigt. Flera av LOs medlemsförbund förlorade medlemmar, även om tappet inte var i närheten av lika stort som till exempel efter storstrejken 1909.
Lavaldomen
Svensk arbetsmarknad kom att påverkas mer och mer av EUs bestämmelser. Byggnads och Elektrikerna beslöt 2004 att sätta ett lettiskt företag som byggde en skola i Vaxholm i blockad för att få företaget att underteckna svenskt kollektivavtal.
Fallet anmäldes till EG-domstolen (nuvarande EU-domstolen) som 2007 meddelade att Byggnads och Elektrikerna hade gjort fel.
Arbetsdomstolen bestämde 2009 att fackförbund skulle betala skadestånd. Den lagstiftning som Sverige antog efter domen (Lex Laval) kritiserades skarpt av både FNs arbetsmarknadsorgan ILO och av Europarådet. Lex Laval avskaffades 2017.
Försvar för kollektivavtalen
Under 2000-talet har fackföreningsrörelsen vid flera tillfällen behövt försvara kollektivavtalsmodellen. Hösten 2007 utlyste Handelsanställdas förbund strejk på tre Videomix-butiker i södra Sverige, eftersom företaget vägrade skriva på kollektivavtal och betala ut ob-ersättning.
Efter två månader gav Videomix upp och tecknade kollektivavtal.
En annan utmaning mot den svenska arbetsmarknadsmodellen har varit EUs planer på att införa lagstadgade minimilöner. LO har sagt bestämt nej till detta.
Huvudavtal och ny ordförande
Karl-Petter Thorwaldsson från IF Metall tog över som LO-ordförande 2012. På kongressen 2020 fick LO sina andra kvinnliga ordförande – Susanna Gideonsson som kommer från Handelsanställdas förbund.
Sommaren 2022 skrev LO, PTK och Svenskt Näringsliv under ett nytt huvudavtal, som handlar om bland annat anställningstrygghet och omställningsstöd.